Package com.actelion.research.util

Class DoubleVec

java.lang.Object

com.actelion.research.util.DoubleVec

All Implemented Interfaces:

java.lang.Comparable<DoubleVec>

public class DoubleVec
extends java.lang.Object
implements java.lang.Comparable<DoubleVec>

Field Summary

Fields

Modifier and Type	Field	Description
static int	COSINE
static int	EUCLIDEAN
static int	EUCLIDEAN_FAST
static int	TANIMOTO
static int	TANIMOTO_INV

Constructor Summary

Constructors

Constructor	Description
DoubleVec(double[] dVec)
DoubleVec(double[] dVec, boolean bDotProd)
DoubleVec(int iSize)
DoubleVec(int[] dVec)
DoubleVec(DoubleVec dVec)
DoubleVec(DoubleVec dVec, boolean bDotProd)
DoubleVec(java.util.Vector<java.lang.Double> vec)
DoubleVec(java.util.Vector<java.lang.Double> vec, boolean bDotProd)

Method Summary

Modifier and Type	Method	Description
DoubleVec	add(DoubleVec dvVec)
void	addNoise(double fracNoise, double min, double max)
void	addRNDvalue(double dPercentage)	Adds aor subtracts a random value to the original value.
java.lang.Object	clone()
int	compareTo(DoubleVec dv)
static double	cubicDistance(DoubleVec dVec1, DoubleVec dVec2)
static DoubleVec	devide(DoubleVec dVec1, DoubleVec dVec2)
static double	distance(DoubleVec dVec1, DoubleVec dVec2, int metric)
boolean	equal(DoubleVec dv)
boolean	equals(DoubleVec dv)
static double	euclideanDistance(double[] arr1, double[] arr2)
static double	euclideanDistance(DoubleVec dVec1, DoubleVec dVec2)	Euclidean distance
double[]	get()
double	get(int col)
static double	getCosine(DoubleVec dVec1, DoubleVec dVec2)	Vectors have to be normed!
static double	getEuclideanDistanceFast(DoubleVec dVec1, DoubleVec dVec2)	Euclidean distance without sqrt
static double	getManhattanBlockDistance(DoubleVec dVec1, DoubleVec dVec2)
double	getNorm()
static double	getTanimotoDistance(double[] d1, double[] d2)
static double	getTanimotoDistance(DoubleVec dVec1, DoubleVec dVec2)	Calculates the Inverse Tanimoto coefficient
static double	getTanimotoDistanceDotProd(DoubleVec dVec1, DoubleVec dVec2)
static double	getTanimotoSimilarity(double[] d1, double[] d2)
static double	getTanimotoSimilarity(DoubleVec dVec1, DoubleVec dVec2)	Calculates the Tanimoto coefficient according broken link 22.01.2019 http://www.pnylab.com/pny/papers/nmet/nmet/
void	initRND(double[][] dArrMaxMin)	The array contains the maximum and the minimum values for the initialisation of each field in the double vector.
void	initRND(double dMin, double dMax)
static DoubleVec	minus(DoubleVec dVec1, DoubleVec dVec2)
DoubleVec	mult(double dFactor)
static double	mult(DoubleVec dVec1, DoubleVec dVec2)
static DoubleVec	multEl(DoubleVec dVec1, DoubleVec dVec2)	Elementwise multiplication
void	norm2One()
static double	overlapDistance(DoubleVec dVec1, DoubleVec dVec2)
static DoubleVec	plus(DoubleVec dVec1, DoubleVec dVec2)
void	reduce(java.util.Vector<java.lang.Integer> vecIndices)
void	set(double dVal)
void	set(double[] arr)
void	set(int[] arr)
void	set(int col, double val)
void	set(int start, int end, double val)
void	setRNDvalue(double dRange)
void	setRNDvalue(double dCenter, double dRange)
int	size()
DoubleVec	sub(DoubleVec dvSub)	Substraction
double[]	toArray()
java.lang.String	toString()
java.lang.String	toString(int iNumDigits)

Methods inherited from class java.lang.Object

equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, wait, wait, wait

Field Detail

COSINE

public static final int COSINE

See Also:

Constant Field Values

EUCLIDEAN

public static final int EUCLIDEAN

See Also:

Constant Field Values

EUCLIDEAN_FAST

public static final int EUCLIDEAN_FAST

See Also:

Constant Field Values

TANIMOTO

public static final int TANIMOTO

See Also:

Constant Field Values

TANIMOTO_INV

public static final int TANIMOTO_INV

See Also:

Constant Field Values

Constructor Detail

DoubleVec

public DoubleVec(DoubleVec dVec)

DoubleVec

public DoubleVec(DoubleVec dVec,
                 boolean bDotProd)

DoubleVec

public DoubleVec(int iSize)

DoubleVec

public DoubleVec(double[] dVec)

DoubleVec

public DoubleVec(int[] dVec)

DoubleVec

public DoubleVec(double[] dVec,
                 boolean bDotProd)

DoubleVec

public DoubleVec(java.util.Vector<java.lang.Double> vec)

DoubleVec

public DoubleVec(java.util.Vector<java.lang.Double> vec,
                 boolean bDotProd)

Method Detail

addRNDvalue

public void addRNDvalue(double dPercentage)

Adds aor subtracts a random value to the original value. The range is specified by the percentage.

Parameters:

dPercentage - maximum range for the value change

add

public DoubleVec add(DoubleVec dvVec)

addNoise

public void addNoise(double fracNoise,
                     double min,
                     double max)

clone

public java.lang.Object clone()

Overrides:

clone in class java.lang.Object

Returns:

-1 if the first different value is smaller than the corresponding value in dv. 0 if bot vectors are equal. 1 if the first different value is bigger than the corresponding value in dv.

compareTo

public int compareTo(DoubleVec dv)

Specified by:

compareTo in interface java.lang.Comparable<DoubleVec>

distance

public static double distance(DoubleVec dVec1,
                              DoubleVec dVec2,
                              int metric)
                       throws java.lang.Exception

Throws:

java.lang.Exception

devide

public static DoubleVec devide(DoubleVec dVec1,
                               DoubleVec dVec2)

equal

public boolean equal(DoubleVec dv)

equals

public boolean equals(DoubleVec dv)

euclideanDistance

public static double euclideanDistance(DoubleVec dVec1,
                                       DoubleVec dVec2)

Euclidean distance

Parameters:

dVec1 -

dVec2 -

Returns:

euclideanDistance

public static double euclideanDistance(double[] arr1,
                                       double[] arr2)

overlapDistance

public static double overlapDistance(DoubleVec dVec1,
                                     DoubleVec dVec2)

getEuclideanDistanceFast

public static double getEuclideanDistanceFast(DoubleVec dVec1,
                                              DoubleVec dVec2)
                                       throws java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException

Euclidean distance without sqrt

Parameters:

dVec1 -

dVec2 -

Returns:

Throws:

java.lang.ArrayIndexOutOfBoundsException

get

public double[] get()

get

public double get(int col)

getNorm

public double getNorm()

getCosine

public static double getCosine(DoubleVec dVec1,
                               DoubleVec dVec2)

Vectors have to be normed!

Parameters:

dVec1 - normed vector1

dVec2 - normed vector2

Returns:

Cosine

cubicDistance

public static double cubicDistance(DoubleVec dVec1,
                                   DoubleVec dVec2)

initRND

public void initRND(double dMin,
                    double dMax)

initRND

public void initRND(double[][] dArrMaxMin)

The array contains the maximum and the minimum values for the initialisation of each field in the double vector.

Parameters:

dArrMaxMin - row 0: max val, row 1 min val

getManhattanBlockDistance

public static double getManhattanBlockDistance(DoubleVec dVec1,
                                               DoubleVec dVec2)

mult

public DoubleVec mult(double dFactor)

mult

public static double mult(DoubleVec dVec1,
                          DoubleVec dVec2)

multEl

public static DoubleVec multEl(DoubleVec dVec1,
                               DoubleVec dVec2)

Elementwise multiplication

Parameters:

dVec1 - input vector

dVec2 - input vector

Returns:

DoubleVec

norm2One

public void norm2One()

minus

public static DoubleVec minus(DoubleVec dVec1,
                              DoubleVec dVec2)

reduce

public void reduce(java.util.Vector<java.lang.Integer> vecIndices)

plus

public static DoubleVec plus(DoubleVec dVec1,
                             DoubleVec dVec2)

set

public void set(double dVal)

set

public void set(double[] arr)

set

public void set(int[] arr)

set

public void set(int col,
                double val)

set

public void set(int start,
                int end,
                double val)

setRNDvalue

public void setRNDvalue(double dCenter,
                        double dRange)

size

public int size()

setRNDvalue

public void setRNDvalue(double dRange)

sub

public DoubleVec sub(DoubleVec dvSub)

Substraction

Parameters:

dvSub -

Returns:

getTanimotoSimilarity

public static double getTanimotoSimilarity(DoubleVec dVec1,
                                           DoubleVec dVec2)

Calculates the Tanimoto coefficient according broken link 22.01.2019 http://www.pnylab.com/pny/papers/nmet/nmet/

Parameters:

dVec1 - vector1

dVec2 - vector2

Returns:

Tanimoto: 1.0: maximum similarity, 0: maximum dissimilarity.

getTanimotoSimilarity

public static double getTanimotoSimilarity(double[] d1,
                                           double[] d2)

getTanimotoDistance

public static double getTanimotoDistance(DoubleVec dVec1,
                                         DoubleVec dVec2)

Calculates the Inverse Tanimoto coefficient

Parameters:

dVec1 - vector1

dVec2 - vector2

Returns:

Tanimoto: 0.0: maximum similarity, 1.0: maximum dissimilarity.

getTanimotoDistance

public static double getTanimotoDistance(double[] d1,
                                         double[] d2)

getTanimotoDistanceDotProd

public static double getTanimotoDistanceDotProd(DoubleVec dVec1,
                                                DoubleVec dVec2)

toString

public java.lang.String toString()

Overrides:

toString in class java.lang.Object

toString

public java.lang.String toString(int iNumDigits)

Parameters:

iNumDigits - number of decimal places

Returns:

String with doubles in 0.0 notation 16.10.2003 MvK

toArray

public double[] toArray()