Package com.actelion.research.chem.io.pdb.parser

Class PDBCoordEntryFile

  • public class PDBCoordEntryFile
extends java.lang.Object
    PDBCoordEntryFile

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    Created by korffmo1 on 20.03.18.

    • Constructor Detail

      • PDBCoordEntryFile

        public PDBCoordEntryFile()

    • Method Detail

      • getClassification

        public java.lang.String getClassification()

      • setClassification

        public void setClassification​(java.lang.String classification)

      • getID

        public java.lang.String getID()

      • setID

        public void setID​(java.lang.String pdbID)

      • getDateDeposition

        public java.util.Date getDateDeposition()

      • setDateDeposition

        public void setDateDeposition​(java.util.Date dateDeposition)

      • getTitle

        public java.lang.String getTitle()

      • setTitle

        public void setTitle​(java.lang.String title)

      • getProtAtomRecords

        public java.util.List<AtomRecord> getProtAtomRecords()

      • setProtAtomRecords

        public void setProtAtomRecords​(java.util.List<AtomRecord> protAtomRecords)

      • getHetAtomRecords

        public java.util.List<AtomRecord> getHetAtomRecords()

      • setHetAtomRecords

        public void setHetAtomRecords​(java.util.List<AtomRecord> hetAtomRecords)

      • getObsolete

        public java.lang.String getObsolete()

      • setObsolete

        public void setObsolete​(java.lang.String obsolete)

      • getSplit

        public java.lang.String getSplit()

      • setSplit

        public void setSplit​(java.lang.String split)

      • getCaveat

        public java.lang.String getCaveat()

      • setCaveat

        public void setCaveat​(java.lang.String caveat)

      • getCompound

        public java.lang.String getCompound()

      • setCompound

        public void setCompound​(java.lang.String compound)

      • getSource

        public java.lang.String getSource()

      • setSource

        public void setSource​(java.lang.String source)

      • getKeywords

        public java.lang.String getKeywords()

      • setKeywords

        public void setKeywords​(java.lang.String keywords)

      • getExpdata

        public java.lang.String getExpdata()

      • setExpdata

        public void setExpdata​(java.lang.String expdata)

      • getNummdl

        public java.lang.String getNummdl()

      • setNummdl

        public void setNummdl​(java.lang.String nummdl)

      • getMdltyp

        public java.lang.String getMdltyp()

      • setMdltyp

        public void setMdltyp​(java.lang.String mdltyp)

      • getAuthor

        public java.lang.String getAuthor()

      • setAuthor

        public void setAuthor​(java.lang.String author)

      • getRevdat

        public java.util.List<java.lang.String> getRevdat()

      • setRevdat

        public void setRevdat​(java.util.List<java.lang.String> liRevdat)

      • getSprsde

        public java.lang.String getSprsde()

      • setSprsde

        public void setSprsde​(java.lang.String sprsde)

      • getJrnl

        public java.util.List<java.lang.String> getJrnl()

      • setJrnl

        public void setJrnl​(java.util.List<java.lang.String> jrnl)

      • getRemark0

        public java.lang.String getRemark0()

      • getRemark1

        public java.lang.String getRemark1()

      • getRemark2

        public java.lang.String getRemark2()

      • getRemark3

        public java.lang.String getRemark3()

      • setRemarks

        public void setRemarks​(java.util.HashMap<java.lang.Integer,​java.lang.String> hmNo_Remark)

      • getRemark

        public java.lang.String getRemark​(int n)

      • getRemarks

        public java.util.List<java.lang.Integer> getRemarks()

      • getDBRef

        public java.util.List<java.lang.String> getDBRef()

      • setDBRef

        public void setDBRef​(java.util.List<java.lang.String> liDBRef)

      • getDBRef1DBRef2

        public java.util.List<java.lang.String> getDBRef1DBRef2()

      • setDBRef1DBRef2

        public void setDBRef1DBRef2​(java.util.List<java.lang.String> liDBRef1DBRef2)

      • getSEQADV

        public java.util.List<java.lang.String> getSEQADV()

      • setSEQADV

        public void setSEQADV​(java.util.List<java.lang.String> liSEQADV)

      • getSEQRES

        public java.util.List<java.lang.String> getSEQRES()

      • setSEQRES

        public void setSEQRES​(java.util.List<java.lang.String> liSEQRES)

      • getModRes

        public java.util.List<java.lang.String> getModRes()

      • setModRes

        public void setModRes​(java.util.List<java.lang.String> liModRes)

      • getHet

        public java.util.List<java.lang.String> getHet()

      • setHet

        public void setHet​(java.util.List<java.lang.String> liHet)

      • getHmId_Name

        public java.util.HashMap<java.lang.String,​java.lang.String> getHmId_Name()

      • setHmId_Name

        public void setHmId_Name​(java.util.HashMap<java.lang.String,​java.lang.String> hmId_Name)

      • getNameIDs

        public java.util.List<java.lang.String> getNameIDs()

      • getName

        public java.lang.String getName​(java.lang.String nameId)

      • setHmId_Synonyms

        public void setHmId_Synonyms​(java.util.HashMap<java.lang.String,​java.lang.String> hm)

      • getSynonymIDs

        public java.util.List<java.lang.String> getSynonymIDs()

      • getSynonyms

        public java.lang.String getSynonyms​(java.lang.String synonymId)

      • setHmId_Formula

        public void setHmId_Formula​(java.util.HashMap<java.lang.String,​java.lang.String> hm)

      • getFormulaIDs

        public java.util.List<java.lang.String> getFormulaIDs()

      • getFormula

        public java.lang.String getFormula​(java.lang.String formulaId)

      • getHelix

        public java.util.List<java.lang.String> getHelix()

      • setHelix

        public void setHelix​(java.util.List<java.lang.String> liHelix)

      • getSheet

        public java.util.List<java.lang.String> getSheet()

      • setSheet

        public void setSheet​(java.util.List<java.lang.String> liSheet)

      • getSSBond

        public java.util.List<java.lang.String> getSSBond()

      • setSSBond

        public void setSSBond​(java.util.List<java.lang.String> liSSBond)

      • getLink

        public java.util.List<java.lang.String> getLink()

      • setLink

        public void setLink​(java.util.List<java.lang.String> liLink)

      • getCisPep

        public java.util.List<java.lang.String> getCisPep()

      • setCisPep

        public void setCisPep​(java.util.List<java.lang.String> liCisPep)

      • setHmId_Site

        public void setHmId_Site​(java.util.HashMap<java.lang.String,​java.lang.String> hm)

      • getSiteIDs

        public java.util.List<java.lang.String> getSiteIDs()

      • getSite

        public java.lang.String getSite​(java.lang.String id)

      • getCryst1

        public java.lang.String getCryst1()

      • setCryst1

        public void setCryst1​(java.lang.String cryst1)

      • getOrigX1

        public java.lang.String getOrigX1()

      • setOrigX1

        public void setOrigX1​(java.lang.String origX1)

      • getOrigX2

        public java.lang.String getOrigX2()

      • setOrigX2

        public void setOrigX2​(java.lang.String origX2)

      • getOrigX3

        public java.lang.String getOrigX3()

      • setOrigX3

        public void setOrigX3​(java.lang.String origX3)

      • getScale1

        public java.lang.String getScale1()

      • setScale1

        public void setScale1​(java.lang.String scale1)

      • getScale2

        public java.lang.String getScale2()

      • setScale2

        public void setScale2​(java.lang.String scale2)

      • getScale3

        public java.lang.String getScale3()

      • setScale3

        public void setScale3​(java.lang.String scale3)

      • getMtrix1

        public java.util.List<java.lang.String> getMtrix1()

      • setMtrix1

        public void setMtrix1​(java.util.List<java.lang.String> liMtrix1)

      • getMtrix2

        public java.util.List<java.lang.String> getMtrix2()

      • setMtrix2

        public void setMtrix2​(java.util.List<java.lang.String> liMtrix2)

      • getMtrix3

        public java.util.List<java.lang.String> getMtrix3()

      • setMtrix3

        public void setMtrix3​(java.util.List<java.lang.String> liMtrix3)

      • getLiConnect

        public java.util.List<int[]> getLiConnect()

      • setLiConnect

        public void setLiConnect​(java.util.List<int[]> liConnect)

      • getMaster

        public java.lang.String getMaster()

      • setMaster

        public void setMaster​(java.lang.String master)

      • isEnd

        public boolean isEnd()

      • setEnd

        public void setEnd​(boolean end)

      • extractMols

        public java.util.Map<java.lang.String,​java.util.List<Molecule3D>> extractMols()

      • toString

        public java.lang.String toString()
        Overrides:
        toString in class java.lang.Object