Package com.actelion.research.calc

Class ArrayUtilsCalc

  • public class ArrayUtilsCalc
extends java.lang.Object

    • Constructor Summary

      Constructors 
      Constructor Description
      ArrayUtilsCalc()  

    • Method Summary

      All Methods Static Methods Concrete Methods 
      Modifier and Type Method Description
      static int[] cat​(int[] a, int[] b)  
      static boolean contains​(int[] a, int b)  
      static byte[] copy​(byte[] a)  
      static int[] copy​(int[] a)  
      static java.lang.Object[] copy​(java.lang.Object[] a)  
      static java.util.List<int[]> copyIntArray​(java.util.List<int[]> li)  
      static boolean equals​(int[] a, int[] b)  
      static double[] extractCol​(double[][] a, int col)  
      static double[] filter​(byte[] arrData, double[] arrFilter)  
      static double[] filter​(int[] arrData, double[] arrFilter)  
      static boolean findIdentical​(int[] a, int[] b)  
      static double[] getCentered​(double[] arr)  
      static double getCorrPearson​(double[] a, double[] b)  
      static double getCorrPearson​(Matrix A, Matrix B)  
      static double getCorrPearson​(java.util.List<PointDouble> li)  
      static double getCorrPearsonStandardized​(double[] a, double[] b)  
      static double getCovarianceCentered​(double[] a, double[] b)  
      static double getMean​(double[] arr)  
      static double getMean​(int[] arr)  
      static ModelMedianDouble getMedian​(double[] arr)  
      static ModelMedianInteger getMedian​(int[] arr)  
      static double[] getNormalized​(double[] arr)  
      static java.util.List<java.lang.Integer> getOverlap​(int[] a1, int[] a2)  
      static double getPercentileFromSorted​(double[] arr, double fraction)  
      static int getPercentileFromSorted​(int[] arr, double fraction)  
      static double getStandardDeviation​(double[] arr)  
      static int[] getUnique​(int[] arr)  
      static java.util.List<java.lang.Integer> getUnique​(int[] a1, int[] a2)  
      static double getVariance​(double[] arr)  
      static double getVariance​(int[] arr)  
      static int indexOf​(int[] array, int obj)  
      static int indexOf​(java.lang.Object[] array, java.lang.Object obj)  
      static int lastIndexOf​(int[] array, int obj)  
      static int lastIndexOfNot​(byte[] array, int obj)  
      static byte max​(byte[] array)  
      static double max​(double[] array)  
      static double max​(double[][] array, int col)  
      static double max​(float[][] array, int col)  
      static int max​(int[] array)  
      static double maxDouble​(java.util.List<java.lang.Double> array)  
      static int maxInt​(java.util.List<java.lang.Integer> array)  
      static double min​(double[] array)  
      static double min​(double[][] array, int col)  
      static double min​(float[][] array, int col)  
      static int min​(int[] array)  
      static java.util.List<java.lang.Integer> parseInteger​(java.lang.String s, java.lang.String sep)  
      static double[] readDoubleArray​(java.lang.String s)  
      static double[] readDoubleArray​(java.lang.String s, java.lang.String seperator)  
      static int[] readIntArray​(java.lang.String s)
      Separator is ','.
      static int[] readIntArray​(java.lang.String s, java.lang.String seperator)  
      static void removeDoubletsInt​(java.util.List<int[]> li)  
      static void removeDoubletsIntOrderIndepend​(java.util.List<int[]> li)
      Removes arrays which contains identical integer.
      static boolean[][] resize​(boolean[][] mData, int rows)  
      static boolean[][] resize​(boolean[][] mData, int iNumberRowsNew, int iNumberColsNew)  
      static boolean[] resize​(boolean[] arr, int newSize)  
      static byte[] resize​(byte[] arr, int newSize)  
      static double[][] resize​(double[][] mData, int iNumberRowsNew, int iNumberColsNew)  
      static double[] resize​(double[] arr, int newSize)  
      static int[] resize​(int[] arr, int newSize)  
      static java.lang.String[] resize​(java.lang.String[] arr, int newSize)
      Resize an array of Object
      static int[] reverse​(int[] arr)  
      static void reverse​(java.lang.Object[] mArrResult)  
      static void set​(double[][] array, double val)  
      static void set​(double[] array, double val)  
      static void set​(float[][] array, float val)  
      static void set​(float[] array, float val)  
      static void set​(int[][] array, int val)  
      static void set​(int[] array, int val)  
      static void set​(short[][] array, short val)  
      static void shift​(int[] v, int n)  
      static int sum​(byte[] a)  
      static double sum​(double[] a)  
      static int sum​(int[] a)  
      static int sum​(long[] a)  
      static java.lang.String[] toArray​(java.util.List<java.lang.String> list)  
      static java.lang.String[][] toArrayStrStr​(java.util.List<java.util.List<java.lang.String>> list)  
      static double[] toDoubleArray​(int[] a)  
      static double[] toDoubleArray​(java.util.List<java.lang.Double> list)  
      static int[] toIntArray​(double[] a)  
      static int[] toIntArray​(java.util.Collection<java.lang.Integer> list)
      Converts a List of Integer to an int[]
      static java.util.List<java.lang.Integer> toList​(int[] a)  
      static java.util.List<java.lang.String> toList​(java.lang.String[] a)  
      static java.lang.String toString​(byte[] v)  
      static java.lang.String toString​(double[] v)  
      static java.lang.String toString​(double[][] v)  
      static java.lang.String toString​(double[][] v, int iDigits)  
      static java.lang.String toString​(double[] v, int iDigits)  
      static java.lang.String toString​(double[] v, java.text.NumberFormat nf)  
      static java.lang.String toString​(float[] v, int iDigits)  
      static java.lang.String toString​(int[] v)  
      static java.lang.String toString​(int[][] v)  
      static java.lang.String toString​(java.lang.Object[] v)  
      static java.lang.String toString​(java.util.Collection<java.lang.Integer> li)  
      static java.lang.String[] toStringArray​(java.util.List<java.lang.Integer> li)  
      static java.lang.String toStringBinary​(int v)  
      static java.lang.String toStringBinary​(int[] v)  
      static java.lang.String toStringFormatted​(int[][] v)  
      static java.lang.String toStringFormatted​(int[] arrTop, int[] arrBottom)  
      static java.lang.String toStringIntArrays​(java.util.List<int[]> li)  
      static java.lang.String toStringIntegerList​(java.util.List<java.lang.Integer> li, int step)
      Writes a list into a string with line terminators.
      static java.lang.String toStringLongList​(java.util.List<java.lang.Long> li, int step)  
      static java.lang.String toStringNoBrackets​(java.util.Collection<java.lang.Integer> li, java.lang.String sep)  
      static java.lang.String toStringNoDigits​(double[] v)  
      static java.lang.String toStringPure​(double[] v)  
      static java.lang.String toStringPure​(int[] v)  

      • Methods inherited from class java.lang.Object

        clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait

    • Constructor Detail

      • ArrayUtilsCalc

        public ArrayUtilsCalc()

    • Method Detail

      • getCorrPearson

        public static final double getCorrPearson​(java.util.List<PointDouble> li)

      • getCorrPearson

        public static final double getCorrPearson​(Matrix A,
                                          Matrix B)

      • getCorrPearson

        public static final double getCorrPearson​(double[] a,
                                          double[] b)

      • getCorrPearsonStandardized

        public static final double getCorrPearsonStandardized​(double[] a,
                                                      double[] b)

      • equals

        public static boolean equals​(int[] a,
                             int[] b)

      • getCovarianceCentered

        public static double getCovarianceCentered​(double[] a,
                                           double[] b)

      • getCentered

        public static double[] getCentered​(double[] arr)

      • getNormalized

        public static final double[] getNormalized​(double[] arr)

      • getVariance

        public static final double getVariance​(double[] arr)

      • getVariance

        public static final double getVariance​(int[] arr)

      • getStandardDeviation

        public static final double getStandardDeviation​(double[] arr)

      • getMean

        public static final double getMean​(double[] arr)

      • getMean

        public static final double getMean​(int[] arr)

      • getPercentileFromSorted

        public static double getPercentileFromSorted​(double[] arr,
                                             double fraction)
        Parameters:
        arr - list has to be sorted in ascending order.
        fraction - 0.25 lower quartile, 0,5 median and 0.75 upper quartile.
        Returns:

      • getPercentileFromSorted

        public static int getPercentileFromSorted​(int[] arr,
                                          double fraction)

      • findIdentical

        public static final boolean findIdentical​(int[] a,
                                          int[] b)

      • filter

        public static final double[] filter​(int[] arrData,
                                    double[] arrFilter)

      • filter

        public static final double[] filter​(byte[] arrData,
                                    double[] arrFilter)

      • contains

        public static final boolean contains​(int[] a,
                                     int b)

      • cat

        public static final int[] cat​(int[] a,
                              int[] b)

      • copy

        public static final int[] copy​(int[] a)

      • copy

        public static final byte[] copy​(byte[] a)

      • copyIntArray

        public static final java.util.List<int[]> copyIntArray​(java.util.List<int[]> li)
        Parameters:
        li -
        Returns:
        deep copy.

      • copy

        public static final java.lang.Object[] copy​(java.lang.Object[] a)

      • extractCol

        public static final double[] extractCol​(double[][] a,
                                        int col)

      • sum

        public static final int sum​(int[] a)

      • sum

        public static final int sum​(long[] a)

      • sum

        public static final int sum​(byte[] a)

      • sum

        public static final double sum​(double[] a)

      • resize

        public static final java.lang.String[] resize​(java.lang.String[] arr,
                                              int newSize)
        Resize an array of Object

      • resize

        public static final int[] resize​(int[] arr,
                                 int newSize)

      • resize

        public static final byte[] resize​(byte[] arr,
                                  int newSize)

      • resize

        public static final boolean[] resize​(boolean[] arr,
                                     int newSize)

      • resize

        public static final double[] resize​(double[] arr,
                                    int newSize)

      • removeDoubletsInt

        public static final void removeDoubletsInt​(java.util.List<int[]> li)

      • removeDoubletsIntOrderIndepend

        public static final void removeDoubletsIntOrderIndepend​(java.util.List<int[]> li)
        Removes arrays which contains identical integer. The integer comparison is independend from the order of the integer in the array.
        Parameters:
        li - list with int [] as elements.

      • resize

        public static final double[][] resize​(double[][] mData,
                                      int iNumberRowsNew,
                                      int iNumberColsNew)

      • resize

        public static final boolean[][] resize​(boolean[][] mData,
                                       int rows)

      • resize

        public static final boolean[][] resize​(boolean[][] mData,
                                       int iNumberRowsNew,
                                       int iNumberColsNew)

      • reverse

        public static final int[] reverse​(int[] arr)

      • reverse

        public static final void reverse​(java.lang.Object[] mArrResult)

      • getOverlap

        public static java.util.List<java.lang.Integer> getOverlap​(int[] a1,
                                                           int[] a2)

      • getUnique

        public static java.util.List<java.lang.Integer> getUnique​(int[] a1,
                                                          int[] a2)

      • getUnique

        public static final int[] getUnique​(int[] arr)

      • toIntArray

        public static final int[] toIntArray​(java.util.Collection<java.lang.Integer> list)
        Converts a List of Integer to an int[]
        Parameters:
        list -
        Returns:
        an array of int

      • toArray

        public static final java.lang.String[] toArray​(java.util.List<java.lang.String> list)

      • toArrayStrStr

        public static final java.lang.String[][] toArrayStrStr​(java.util.List<java.util.List<java.lang.String>> list)

      • toDoubleArray

        public static final double[] toDoubleArray​(java.util.List<java.lang.Double> list)

      • toDoubleArray

        public static final double[] toDoubleArray​(int[] a)

      • toIntArray

        public static final int[] toIntArray​(double[] a)

      • toList

        public static final java.util.List<java.lang.Integer> toList​(int[] a)

      • toList

        public static final java.util.List<java.lang.String> toList​(java.lang.String[] a)

      • indexOf

        public static final int indexOf​(java.lang.Object[] array,
                                java.lang.Object obj)

      • indexOf

        public static final int indexOf​(int[] array,
                                int obj)

      • lastIndexOf

        public static final int lastIndexOf​(int[] array,
                                    int obj)

      • lastIndexOfNot

        public static final int lastIndexOfNot​(byte[] array,
                                       int obj)

      • min

        public static final double min​(double[] array)

      • min

        public static final int min​(int[] array)

      • min

        public static final double min​(double[][] array,
                               int col)

      • min

        public static final double min​(float[][] array,
                               int col)

      • max

        public static final byte max​(byte[] array)

      • max

        public static final double max​(double[] array)

      • maxDouble

        public static final double maxDouble​(java.util.List<java.lang.Double> array)

      • maxInt

        public static final int maxInt​(java.util.List<java.lang.Integer> array)

      • max

        public static final double max​(double[][] array,
                               int col)

      • max

        public static final double max​(float[][] array,
                               int col)

      • max

        public static final int max​(int[] array)

      • readIntArray

        public static int[] readIntArray​(java.lang.String s)
        Separator is ','. Vector can start with '[' and end with ']'.
        Parameters:
        s -
        Returns:

      • readIntArray

        public static int[] readIntArray​(java.lang.String s,
                                 java.lang.String seperator)

      • readDoubleArray

        public static double[] readDoubleArray​(java.lang.String s)

      • readDoubleArray

        public static double[] readDoubleArray​(java.lang.String s,
                                       java.lang.String seperator)

      • set

        public static final void set​(int[] array,
                             int val)

      • set

        public static final void set​(float[] array,
                             float val)

      • set

        public static final void set​(double[] array,
                             double val)

      • set

        public static final void set​(int[][] array,
                             int val)

      • set

        public static final void set​(short[][] array,
                             short val)

      • set

        public static final void set​(double[][] array,
                             double val)

      • set

        public static final void set​(float[][] array,
                             float val)

      • toStringBinary

        public static final java.lang.String toStringBinary​(int[] v)

      • toStringBinary

        public static java.lang.String toStringBinary​(int v)

      • toString

        public static final java.lang.String toString​(int[] v)

      • toString

        public static final java.lang.String toString​(java.util.Collection<java.lang.Integer> li)

      • toStringNoBrackets

        public static final java.lang.String toStringNoBrackets​(java.util.Collection<java.lang.Integer> li,
                                                        java.lang.String sep)

      • toStringIntegerList

        public static final java.lang.String toStringIntegerList​(java.util.List<java.lang.Integer> li,
                                                         int step)
        Writes a list into a string with line terminators.
        Parameters:
        li -
        step - number of numbers in one line
        Returns:

      • toStringLongList

        public static final java.lang.String toStringLongList​(java.util.List<java.lang.Long> li,
                                                      int step)

      • toStringArray

        public static final java.lang.String[] toStringArray​(java.util.List<java.lang.Integer> li)

      • toString

        public static final java.lang.String toString​(byte[] v)

      • toStringPure

        public static final java.lang.String toStringPure​(int[] v)

      • toStringIntArrays

        public static final java.lang.String toStringIntArrays​(java.util.List<int[]> li)

      • toString

        public static final java.lang.String toString​(int[][] v)

      • toStringFormatted

        public static final java.lang.String toStringFormatted​(int[] arrTop,
                                                       int[] arrBottom)

      • toStringFormatted

        public static final java.lang.String toStringFormatted​(int[][] v)

      • toString

        public static final java.lang.String toString​(double[] v)

      • toStringPure

        public static final java.lang.String toStringPure​(double[] v)

      • toString

        public static final java.lang.String toString​(double[] v,
                                              java.text.NumberFormat nf)

      • toString

        public static final java.lang.String toString​(double[][] v)

      • toString

        public static final java.lang.String toString​(double[] v,
                                              int iDigits)

      • toString

        public static final java.lang.String toString​(float[] v,
                                              int iDigits)

      • toString

        public static final java.lang.String toString​(double[][] v,
                                              int iDigits)

      • toStringNoDigits

        public static final java.lang.String toStringNoDigits​(double[] v)

      • toString

        public static final java.lang.String toString​(java.lang.Object[] v)

      • shift

        public static final void shift​(int[] v,
                               int n)

      • parseInteger

        public static final java.util.List<java.lang.Integer> parseInteger​(java.lang.String s,
                                                                   java.lang.String sep)