Package org.jmol.shapespecial

Class Dipoles

java.lang.Object
org.jmol.shape.Shape
org.jmol.shapespecial.Dipoles
public class Dipoles extends Shape

  • Field Details

    • DEFAULT_MAD

      static final short DEFAULT_MAD
      See Also:

    • DEFAULT_OFFSETSIDE

      static final float DEFAULT_OFFSETSIDE
      See Also:

    • dipoleCount

      public int dipoleCount

    • dipoles

      public Dipole[] dipoles

    • currentDipole

      private Dipole currentDipole

    • tempDipole

      private Dipole tempDipole

    • startCoord

      private javajs.util.P3 startCoord

    • endCoord

      private javajs.util.P3 endCoord

    • dipoleValue

      private float dipoleValue

    • isUserValue

      private boolean isUserValue

    • isBond

      private boolean isBond

    • iHaveTwoEnds

      private boolean iHaveTwoEnds

    • atomIndex1

      private int atomIndex1

    • atomIndex2

      private int atomIndex2

    • colix

      private short colix

    • calculatedDipole

      private javajs.util.V3 calculatedDipole

    • wildID

      private String wildID

    • mad

      private short mad

    • E_ANG_PER_DEBYE

      private static final float E_ANG_PER_DEBYE
      See Also:

  • Constructor Details

    • Dipoles

      public Dipoles()

  • Method Details

    • initShape

      public void initShape()
      Specified by:
      initShape in class Shape

    • setProperty

      public void setProperty(String propertyName, Object value, javajs.util.BS bs)
      Specified by:
      setProperty in class Shape

    • getMolecular

      private void getMolecular(javajs.util.BS bsMolecule)

    • getAllMolecularDipoles

      private void getAllMolecularDipoles(javajs.util.BS bsAtoms)

    • setPropertyTok

      private void setPropertyTok(int tok, boolean bondOnly, int iValue, float fValue)

    • setPropertyFor

      private void setPropertyFor(int tok, Dipole dipole, int iValue, float fValue)

    • getPropertyData

      public boolean getPropertyData(String property, Object[] data)
      Overrides:
      getPropertyData in class Shape
      Returns:
      true if serviced

    • getProperty

      public Object getProperty(String property, int index)
      Overrides:
      getProperty in class Shape
      Returns:
      true if serviced

    • getBondDipoles

      private void getBondDipoles()

    • isBondDipole

      private boolean isBondDipole(int i)

    • setColixDipole

      private void setColixDipole(short colix, int bondTypeMask, javajs.util.BS bs)

    • setDipole

      private void setDipole()

    • setDipoleAtoms

      private void setDipoleAtoms(Atom atom1, Atom atom2, float c1, float c2)

    • getDipoleIndexFor

      private int getDipoleIndexFor(String dipoleInfo, String thisID)

    • isSameAtoms

      private boolean isSameAtoms(Dipole dipole, String dipoleInfo)

    • getDipoleIndex

      private int getDipoleIndex(int atomIndex1, int atomIndex2)

    • deleteDipole

      private void deleteDipole(Dipole dipole)

    • findDipole

      private Dipole findDipole(String thisID)

    • findAtomDipole

      private Dipole findAtomDipole(Atom atom1, Atom atom2, boolean doAllocate)

    • findBondDipole

      private Dipole findBondDipole(Bond bond)

    • findDipoleFor

      private Dipole findDipoleFor(String thisID, String dipoleInfo)

    • allocDipole

      private Dipole allocDipole(String thisID, String dipoleInfo)

    • dumpDipoles

      private void dumpDipoles(String msg)

    • clear

      private void clear(boolean clearBondDipolesOnly)

    • getIndexFromName

      public int getIndexFromName(String thisID)
      Overrides:
      getIndexFromName in class Shape
      Returns:
      index

    • getShapeDetail

      public Object getShapeDetail()
      Overrides:
      getShapeDetail in class Shape

    • setModelIndex

      private void setModelIndex()

    • setModelVisibilityFlags

      public void setModelVisibilityFlags(javajs.util.BS bsModels)
      Overrides:
      setModelVisibilityFlags in class Shape

    • getShapeState

      public String getShapeState()
      Specified by:
      getShapeState in class Shape