Package org.jmol.renderbio

Class NucleicRenderer

java.lang.Object
org.jmol.renderbio.NucleicRenderer
public class NucleicRenderer extends Object
extends CartoonRenderer for nucleics

  • Field Details

    • cartoonBaseEdges

      private boolean cartoonBaseEdges

    • cartoonBlocks

      private boolean cartoonBlocks

    • blockHeight

      private float blockHeight

    • cartoonLadders

      private boolean cartoonLadders

    • cartoonRibose

      private boolean cartoonRibose

    • rPt

      private javajs.util.P3[] rPt

    • rPt5

      private javajs.util.P3[] rPt5

    • rScr

      private javajs.util.P3[] rScr

    • rScr5

      private javajs.util.P3[] rScr5

    • basePt

      private javajs.util.P3 basePt

    • backbonePt

      private javajs.util.P3 backbonePt

    • baseScreen

      private javajs.util.P3 baseScreen

    • backboneScreen

      private javajs.util.P3 backboneScreen

    • ptTemp

      private javajs.util.P3 ptTemp

    • vwr

      private Viewer vwr

    • tm

      private TransformManager tm

    • g3d

      private JmolRendererInterface g3d

    • bsr

      private BioShapeRenderer bsr

    • colix

      private short colix

    • cartoonSteps

      private boolean cartoonSteps

    • scrBox

      private javajs.util.P3[] scrBox

    • triangles

      private final int[] triangles

  • Constructor Details

    • NucleicRenderer

      public NucleicRenderer()

  • Method Details

    • renderNucleic

      void renderNucleic(BioShapeRenderer renderer)

    • renderNucleicBaseStep

      private void renderNucleicBaseStep(int im, javajs.util.T3 ptPnext, javajs.util.T3 scrPnext)

    • renderSteps

      private void renderSteps(NucleicMonomer g, int i)

    • transformPoints

      private void transformPoints(int count, javajs.util.T3[] angstroms, javajs.util.P3[] screens)

    • drawEdges

      private void drawEdges(javajs.util.P3[] scr, javajs.util.P3[] pt, int n)

    • renderBlock

      private void renderBlock(NucleicMonomer g)

    • renderLeontisWesthofEdges

      private void renderLeontisWesthofEdges(NucleicMonomer nucleotide)

    • renderEdge

      private void renderEdge(javajs.util.P3[] scr, javajs.util.P3[] pt, int i, int j)

    • renderCyl

      private void renderCyl(javajs.util.P3 s1, javajs.util.P3 s2, javajs.util.P3 p1, javajs.util.P3 p2)

    • renderTriangle

      private void renderTriangle(javajs.util.P3[] scr, javajs.util.P3[] pt, int i, int j, int k, boolean doShade)
      Parameters:
      scr -
      pt -
      i -
      j -
      k -
      doShade - if shade was not calculated previously;

    • renderRing6

      private void renderRing6()

    • renderRing5

      private void renderRing5()

    • renderRibose

      private void renderRibose()