Package org.jmol.minimize.forcefield

Class Calculations

java.lang.Object
org.jmol.minimize.forcefield.Calculations
Direct Known Subclasses:
CalculationsMMFF, CalculationsUFF
abstract class Calculations extends Object

  • Field Details

    • RAD_TO_DEG

      public static final double RAD_TO_DEG
      See Also:

    • DEG_TO_RAD

      public static final double DEG_TO_RAD
      See Also:

    • KCAL_TO_KJ

      static final double KCAL_TO_KJ
      See Also:

    • CALC_DISTANCE

      static final int CALC_DISTANCE
      See Also:

    • CALC_ANGLE

      static final int CALC_ANGLE
      See Also:

    • CALC_TORSION

      static final int CALC_TORSION
      See Also:

    • CALC_STRETCH_BEND

      static final int CALC_STRETCH_BEND
      See Also:

    • CALC_OOP

      static final int CALC_OOP
      See Also:

    • CALC_VDW

      static final int CALC_VDW
      See Also:

    • CALC_ES

      static final int CALC_ES
      See Also:

    • CALC_MAX

      static final int CALC_MAX
      See Also:

    • parA

      FFParam parA

    • parB

      FFParam parB

    • parC

      FFParam parC

    • ff

      ForceField ff

    • calculations

      javajs.util.Lst<Object[]>[] calculations

    • ffParams

      Map<Object,Object> ffParams

    • ac

      int ac

    • bondCount

      int bondCount

    • angleCount

      int angleCount

    • torsionCount

      int torsionCount

    • minAtoms

      MinAtom[] minAtoms

    • minBonds

      MinBond[] minBonds

    • minAngles

      MinAngle[] minAngles

    • minTorsions

      MinTorsion[] minTorsions

    • minPositions

      private MinPosition[] minPositions

    • constraintsByType

      private MMConstraint[][] constraintsByType

    • haveConstraints

      private boolean haveConstraints

    • isPreliminary

      boolean isPreliminary

    • gradients

      boolean gradients

    • silent

      boolean silent

    • logData

      javajs.util.SB logData

    • logging

      boolean logging

    • loggingEnabled

      boolean loggingEnabled

    • da

      final javajs.util.V3d da

    • db

      final javajs.util.V3d db

    • dc

      final javajs.util.V3d dc

    • dd

      final javajs.util.V3d dd

    • ia

      int ia

    • ib

      int ib

    • ic

      int ic

    • id

      int id

    • v1

      final javajs.util.V3d v1

    • v2

      final javajs.util.V3d v2

    • v3

      final javajs.util.V3d v3

    • PI_OVER_2

      private static final double PI_OVER_2
      See Also:

    • TWO_PI

      private static final double TWO_PI
      See Also:

  • Constructor Details

  • Method Details

    • getParameterObj

      abstract Object getParameterObj(MinObject o)

    • getParameter

      Object getParameter(Object o)

    • setupCalculations

      abstract boolean setupCalculations()

    • getUnits

      abstract String getUnits()

    • compute

      abstract double compute(int iType, Object[] dataIn)

    • setConstraints

      public void setConstraints(javajs.util.Lst<MMConstraint> constraints)

    • addForce

      void addForce(javajs.util.V3d v, int i, double dE)

    • setSilent

      public void setSilent(boolean TF)

    • getLogData

      public String getLogData()

    • appendLogData

      void appendLogData(String s)

    • setLoggingEnabled

      void setLoggingEnabled(boolean TF)

    • setPreliminary

      void setPreliminary(boolean TF)

    • pairSearch

      protected void pairSearch(javajs.util.Lst<Object[]> calc1, Calculation pc1, javajs.util.Lst<Object[]> calc2, Calculation pc2)

    • calc

      private double calc(int iType, boolean gradients, boolean canConstrain)

    • energyStrBnd

      double energyStrBnd(boolean gradients)

    • energyBond

      double energyBond(boolean gradients)

    • energyAngle

      double energyAngle(boolean gradients)

    • energyTorsion

      double energyTorsion(boolean gradients)

    • energyStretchBend

      double energyStretchBend(boolean gradients)

    • energyOOP

      double energyOOP(boolean gradients)

    • energyVDW

      double energyVDW(boolean gradients)

    • energyES

      double energyES(boolean gradients)

    • constraintEnergy

      private double constraintEnergy(int iType)

    • constrainQuadratic

      private double constrainQuadratic(double value, double targetValue, double k, int iType)

    • getConstraintList

      void getConstraintList()

    • getAtomList

      String getAtomList(String title)

    • getDebugHeader

      abstract String getDebugHeader(int iType)

    • getDebugHeader2

      protected String getDebugHeader2(int iType)

    • getDebugLine

      String getDebugLine(int iType, Calculation c)

    • getDebugLineC

      protected String getDebugLineC(int iType, Calculation c)

    • getDebugFooter

      String getDebugFooter(int iType, double energy)

    • setPairVariables

      void setPairVariables(Calculation c)

    • setAngleVariables

      void setAngleVariables(Calculation c)

    • setOopVariables

      void setOopVariables(Calculation c, boolean fixTheta)

    • setTorsionVariables

      void setTorsionVariables(Calculation c)

    • setCoords

      void setCoords(Calculation c, int n)

    • addForces

      void addForces(Calculation c, int n)

    • isLinear

      boolean isLinear(int i)
      Parameters:
      i -
      Returns:
      T/F