Package org.jmol.minimize

Class MinAtom

java.lang.Object
org.jmol.minimize.MinAtom
public class MinAtom extends Object

  • Field Details

    • index

      int index

    • sType

      public String sType

    • atom

      public Atom atom

    • ffAtomType

      public AtomType ffAtomType

    • ffType

      public int ffType

    • vdwKey

      public Integer vdwKey

    • coord

      public double[] coord

    • force

      public double[] force

    • bonds

      private javajs.util.Lst<MinBond> bonds

    • nBonds

      public int nBonds

    • hCount

      public int hCount

    • partialCharge

      public double partialCharge

    • bsVdw

      public javajs.util.BS bsVdw

    • bs14

      public javajs.util.BS bs14

    • bondedAtoms

      int[] bondedAtoms

  • Constructor Details

    • MinAtom

      MinAtom(int index, Atom atom, double[] coord, int ac)

  • Method Details

    • toString

      public String toString()
      Overrides:
      toString in class Object

    • set

      void set()

    • getBondTo

      public MinBond getBondTo(int iAtom)

    • getBondedAtomIndexes

      public int[] getBondedAtomIndexes()

    • getIdentity

      public String getIdentity()

    • addBond

      public void addBond(MinBond bond, int i)

    • getBondIndex

      public int getBondIndex(int j)

    • isLinear

      public static boolean isLinear(MinAtom minAtom)