Package org.jmol.jvxl.readers

Class SurfaceGenerator

java.lang.Object
org.jmol.jvxl.readers.SurfaceGenerator
public class SurfaceGenerator extends Object

  • Field Details

    • params

      public Parameters params

    • jvxlData

      public JvxlData jvxlData

    • meshData

      public MeshData meshData

    • volumeDataTemp

      public VolumeData volumeDataTemp

    • meshDataServer

      public MeshDataServer meshDataServer

    • atomDataServer

      public AtomDataServer atomDataServer

    • marchingSquares

      public MarchingSquares marchingSquares

    • version

      public String version

    • isValid

      public boolean isValid

    • fileType

      public String fileType

    • bsVdw

      public javajs.util.BS bsVdw

    • colorPtr

      private int colorPtr

    • surfaceReader

      private SurfaceReader surfaceReader

    • out

      private javajs.util.OC out

    • readerData

      private Object readerData

    • vAB

      private final javajs.util.V3 vAB

    • vNorm

      private final javajs.util.V3 vNorm

    • ptRef

      private final javajs.util.P3 ptRef

  • Constructor Details

  • Method Details

    • setJvxlData

      public void setJvxlData(JvxlData jvxlData)

    • setProp

      public boolean setProp(String propertyName, Object value, javajs.util.BS bs)
      Parameters:
      propertyName -
      value -
      bs -
      Returns:
      TRUE if handled

    • newReader

      private SurfaceReader newReader(String name)

    • newReaderBr

      private SurfaceReader newReaderBr(String name, BufferedReader br)

    • getInterface

      private static Object getInterface(String name)

    • getSurfaceSets

      private void getSurfaceSets()

    • processState

      private void processState()

    • setReader

      private boolean setReader()

    • generateSurface

      private void generateSurface()

    • mapSurface

      private void mapSurface()

    • colorIsosurface

      void colorIsosurface()

    • getProperty

      public Object getProperty(String property, int index)
      only called from org.openscience.jvxl.Jvxl.main
      Parameters:
      property -
      index -
      Returns:
      Object

    • setFileData

      private SurfaceReader setFileData(Viewer vwr, Object value)
      Parameters:
      vwr -
      value -
      Returns:
      SurfaceReader

    • getReaderData

      Object getReaderData()

    • initializeIsosurface

      void initializeIsosurface()

    • initState

      public void initState()

    • setLcao

      public String setLcao()

    • getFunctionZfromXY

      private void getFunctionZfromXY()

    • distanceVerticalToPlane

      private float distanceVerticalToPlane(float x, float y, javajs.util.P3 pta, javajs.util.P3 ptb, javajs.util.P3 ptc)

    • findNearestThreePoints

      private static float findNearestThreePoints(float x, float y, float[][] xyz, int[] result)

    • addRequiredFile

      public void addRequiredFile(String fileName)

    • setRequiredFile

      public void setRequiredFile(String oldName, String fileName)

    • log

      void log(String msg)

    • setOutputChannel

      void setOutputChannel(javajs.api.GenericBinaryDocument binaryDoc, javajs.util.OC out)

    • fillAtomData

      void fillAtomData(AtomData atomData, int mode)

    • getOriginVaVbVc

      public javajs.util.V3[] getOriginVaVbVc()