Package org.jmol.jvxl.readers

Class AtomDataReader

java.lang.Object
org.jmol.jvxl.readers.SurfaceReader
org.jmol.jvxl.readers.VolumeDataReader
org.jmol.jvxl.readers.AtomDataReader
All Implemented Interfaces:
VertexDataServer
Direct Known Subclasses:
AtomPropertyMapper, IsoFxyReader, IsoIntersectAtomReader, IsoIntersectReader, IsoMepReader, IsoMOReader, IsoPlaneReader, IsoSolventReader
abstract class AtomDataReader extends VolumeDataReader

  • Field Details

    • maxDistance

      protected float maxDistance

    • contactPair

      protected ContactPair contactPair

    • fileName

      protected String fileName

    • fileDotModel

      protected String fileDotModel

    • modelIndex

      protected int modelIndex

    • atomData

      protected AtomData atomData

    • atomXyzTruncated

      protected javajs.util.P3[] atomXyzTruncated

    • atomRadius

      protected float[] atomRadius

    • atomProp

      protected float[] atomProp

    • atomNo

      protected int[] atomNo

    • atomIndex

      protected int[] atomIndex

    • myIndex

      protected int[] myIndex

    • ac

      protected int ac

    • myAtomCount

      protected int myAtomCount

    • nearbyAtomCount

      protected int nearbyAtomCount

    • firstNearbyAtom

      protected int firstNearbyAtom

    • bsMySelected

      protected javajs.util.BS bsMySelected

    • bsMyIgnored

      protected javajs.util.BS bsMyIgnored

    • bsNearby

      protected javajs.util.BS bsNearby

    • doAddHydrogens

      protected boolean doAddHydrogens

    • havePlane

      protected boolean havePlane

    • doUseIterator

      protected boolean doUseIterator

    • theProperty

      protected float theProperty

    • haveOneProperty

      protected boolean haveOneProperty

    • minPtsPerAng

      private float minPtsPerAng

    • sr

      protected float sr
      solvent radius

    • rs

      protected float[] rs
      atom radius + solvent radius

    • rs2

      protected float[] rs2
      square of (atom radius + solvent radius)

    • maxRS

      protected float maxRS
      maximun (atom radius + solvent radius)

    • thisPlane

      protected float[] thisPlane

    • thisAtomSet

      protected javajs.util.BS thisAtomSet

    • thisX

      protected int thisX

    • margin

      protected float margin

    • vl0

      protected float vl0

    • vl1

      protected float vl1

    • vl2

      protected float vl2

    • bsSurfaceVoxels

      protected javajs.util.BS bsSurfaceVoxels

    • validSpheres

      protected javajs.util.BS validSpheres

    • noFaceSpheres

      protected javajs.util.BS noFaceSpheres

    • voxelSource

      protected int[] voxelSource

    • ptY0

      protected final javajs.util.P3 ptY0

    • ptZ0

      protected final javajs.util.P3 ptZ0

    • pt0

      protected final javajs.util.P3i pt0

    • pt1

      protected final javajs.util.P3i pt1

    • ptV

      protected final javajs.util.P3 ptV

  • Constructor Details

    • AtomDataReader

      AtomDataReader()

  • Method Details

    • initADR

      protected void initADR(SurfaceGenerator sg)

    • setup

      protected void setup(boolean isMapData)
      Overrides:
      setup in class VolumeDataReader
      Parameters:
      isMapData -

    • setup2

      protected void setup2()

    • markPlaneVoxels

      protected void markPlaneVoxels(javajs.util.P3 p, float r)

    • setVolumeForPlane

      protected void setVolumeForPlane()

    • getAtoms

      protected void getAtoms(javajs.util.BS bsSelected, boolean doAddHydrogens, boolean getRadii, boolean getMolecules, boolean getAllModels, boolean addNearbyAtoms, boolean getAtomMinMax, float marginAtoms, javajs.util.M4 modelInvRotation)
      Parameters:
      bsSelected -
      doAddHydrogens -
      getRadii -
      getMolecules -
      getAllModels -
      addNearbyAtoms -
      getAtomMinMax -
      marginAtoms -
      modelInvRotation -

    • setRadii

      protected void setRadii()

    • addAtomProp

      private void addAtomProp(int i, float f)

    • getWorkingRadius

      private float getWorkingRadius(int i, float marginAtoms)

    • setHeader

      protected void setHeader(String calcType, String line2)

    • setRanges

      protected void setRanges(float ptsPerAngstrom, int maxGrid, float minPtsPerAng)

    • setVolumeData

      protected void setVolumeData()
      Overrides:
      setVolumeData in class VolumeDataReader

    • setVolumeDataADR

      protected void setVolumeDataADR()

    • setVertexSource

      protected void setVertexSource()

    • resetPlane

      protected void resetPlane(float value)

    • resetVoxelData

      protected void resetVoxelData(float value)

    • getVoxel

      private float getVoxel(int i, int j, int k, int ipt)

    • unsetVoxelData

      protected void unsetVoxelData()

    • unsetVoxelData2

      protected void unsetVoxelData2()

    • setGridLimitsForAtom

      protected void setGridLimitsForAtom(javajs.util.P3 ptA, float rA, javajs.util.P3i pt0, javajs.util.P3i pt1)

    • getAtomMinMax

      protected void getAtomMinMax(javajs.util.BS bs, javajs.util.BS[] bsAtomMinMax)

    • markSphereVoxels

      protected void markSphereVoxels(float r0, float distance)

    • setVoxel

      protected void setVoxel(int i, int j, int k, int ipt, float value)