Package org.jmol.jvxl.data

Class VolumeData

java.lang.Object
org.jmol.jvxl.data.VolumeData
public class VolumeData extends Object

  • Field Details

    • sr

      public SurfaceReader sr

    • doIterate

      public boolean doIterate

    • volumetricOrigin

      public final javajs.util.P3 volumetricOrigin

    • origin

      public final float[] origin

    • volumetricVectors

      public final javajs.util.V3[] volumetricVectors

    • voxelCounts

      public final int[] voxelCounts

    • nPoints

      public int nPoints

    • voxelData

      private float[][][] voxelData

    • voxelMap

      private Map<Integer,Float> voxelMap

    • volumetricVectorLengths

      public final float[] volumetricVectorLengths

    • maxVectorLength

      private float maxVectorLength

    • minToPlaneDistance

      private float minToPlaneDistance

    • yzCount

      private int yzCount

    • unitVolumetricVectors

      public final javajs.util.V3[] unitVolumetricVectors

    • volumetricMatrix

      private final javajs.util.M3 volumetricMatrix

    • inverseMatrix

      private final javajs.util.M3 inverseMatrix

    • thePlane

      private javajs.util.P4 thePlane

    • thePlaneNormalMag

      private float thePlaneNormalMag

    • ptXyzTemp

      private final javajs.util.P3 ptXyzTemp

    • xmlData

      public String xmlData

    • mappingPlane

      public javajs.util.P4 mappingPlane

    • mappingPlaneNormalMag

      float mappingPlaneNormalMag

    • minGrid

      public float minGrid

    • maxGrid

      public float maxGrid

    • voxelVolume

      public float voxelVolume

    • oabc

      public javajs.util.V3[] oabc

    • isPeriodic

      public boolean isPeriodic

    • isSquared

      private boolean isSquared

    • edgeVector

      private final javajs.util.V3 edgeVector

    • ptTemp

      private javajs.util.P3 ptTemp

  • Constructor Details

    • VolumeData

      public VolumeData()

  • Method Details

    • getVoxelData

      public float[][][] getVoxelData()

    • setVoxelDataAsArray

      public void setVoxelDataAsArray(float[][][] voxelData)

    • hasPlane

      public boolean hasPlane()

    • setMappingPlane

      public void setMappingPlane(javajs.util.P4 plane)

    • distanceToMappingPlane

      public float distanceToMappingPlane(javajs.util.T3 pt)

    • setVolumetricOrigin

      public void setVolumetricOrigin(float x, float y, float z)

    • getOriginFloat

      public float[] getOriginFloat()

    • getYzCount

      public int getYzCount()

    • getVolumetricVectorLengths

      public float[] getVolumetricVectorLengths()

    • setVolumetricVector

      public void setVolumetricVector(int i, float x, float y, float z)

    • getVoxelCounts

      public int[] getVoxelCounts()

    • setVoxelCounts

      public int setVoxelCounts(int nPointsX, int nPointsY, int nPointsZ)

    • getVoxelDataAt

      public float getVoxelDataAt(int pt)

    • getPointIndex

      public int getPointIndex(int x, int y, int z)

    • getPoint

      public void getPoint(int ipt, javajs.util.P3 pt)

    • setVoxelData

      public void setVoxelData(int pt, float value)

    • setVoxelMap

      public void setVoxelMap()

    • setMatrix

      private boolean setMatrix()

    • transform

      public void transform(javajs.util.V3 v1, javajs.util.V3 v2)

    • setPlaneParameters

      public void setPlaneParameters(javajs.util.P4 plane)

    • calcVoxelPlaneDistance

      public float calcVoxelPlaneDistance(int x, int y, int z)

    • getToPlaneParameter

      public float getToPlaneParameter()

    • isNearPlane

      public boolean isNearPlane(int x, int y, int z, float toPlaneParameter)

    • distancePointToPlane

      public float distancePointToPlane(javajs.util.T3 pt)

    • voxelPtToXYZ

      public void voxelPtToXYZ(int x, int y, int z, javajs.util.T3 pt)

    • setUnitVectors

      public boolean setUnitVectors()

    • xyzToVoxelPt

      public void xyzToVoxelPt(float x, float y, float z, javajs.util.T3i pt3i)

    • lookupInterpolatedVoxelValue

      public float lookupInterpolatedVoxelValue(javajs.util.T3 point, boolean getSource)

    • mantissa

      private float mantissa(float f)

    • getVoxelValue

      public float getVoxelValue(int x, int y, int z)

    • getFractional2DValue

      public static float getFractional2DValue(float fx, float fy, float x11, float x12, float x21, float x22)

    • indexLower

      private int indexLower(float x, int xMax)
      periodic grids should have val[0] == val[xMax] voxelCount: 1....2....3....4....5 xMax/index: 0....1....2....3....4.... nonper. ^ ---> [0,0] ^ --> [4, 4] periodic ^ ---> [3,4] ^ --> [0, 1]
      Parameters:
      x -
      xMax -
      Returns:
      lower index in range

    • indexUpper

      private int indexUpper(float x, int xLower, int xMax)

    • offsetCenter

      void offsetCenter(javajs.util.P3 center)

    • setDataDistanceToPlane

      public void setDataDistanceToPlane(javajs.util.P4 plane)

    • filterData

      public void filterData(boolean isSquared, float invertCutoff)

    • capData

      public void capData(javajs.util.P4 plane, float cutoff)

    • setVolumetricXml

      public String setVolumetricXml()

    • setVoxelMapValue

      public void setVoxelMapValue(int x, int y, int z, float v)
      for sparse data mapping, as for a plane
      Parameters:
      x -
      y -
      z -
      v -

    • calculateFractionalPoint

      public float calculateFractionalPoint(float cutoff, javajs.util.P3 pointA, javajs.util.P3 pointB, float valueA, float valueB, javajs.util.P3 pt)