Interface SymmetryInterface

Method Details

• addBioMoleculeOperation

  int addBioMoleculeOperation(javajs.util.M4 mat, boolean isReverse)

• addLatticeVectors

  boolean addLatticeVectors(javajs.util.Lst<float[]> lattvecs)

• addSpaceGroupOperation

  int addSpaceGroupOperation(String xyz, int opId)

• addSubSystemOp

  String addSubSystemOp(String code, javajs.util.Matrix rs, javajs.util.Matrix vs, javajs.util.Matrix sigma)

• calculateCIPChiralityForAtoms

  void calculateCIPChiralityForAtoms(Viewer vwr, javajs.util.BS bsAtoms)

• calculateCIPChiralityForSmiles

  String[] calculateCIPChiralityForSmiles(Viewer vwr, String smiles) throws Exception

  Throws:

  Exception

• checkDistance

  boolean checkDistance(javajs.util.P3 f1, javajs.util.P3 f2, float distance, float dx, int iRange, int jRange, int kRange, javajs.util.P3 ptOffset)

• createSpaceGroup

  boolean createSpaceGroup(int desiredSpaceGroupIndex, String name, Object data, int modDim)

• fcoord

  String fcoord(javajs.util.T3 p)

• findSpaceGroup

  Object findSpaceGroup(Viewer vwr, javajs.util.BS atoms, String xyzList, float[] unitcellParams, boolean asString, boolean isAssign)

• generateCrystalClass

  javajs.util.Lst<javajs.util.P3> generateCrystalClass(javajs.util.P3 pt0)

• getCanonicalCopy

  javajs.util.P3[] getCanonicalCopy(float scale, boolean withOffset)

• getCartesianOffset

  javajs.util.P3 getCartesianOffset()

• getCellRange

  int[] getCellRange()

• getConventionalUnitCell

  javajs.util.T3[] getConventionalUnitCell(String latticeType, javajs.util.M3 primitiveToCryst)

• getCoordinatesAreFractional

  boolean getCoordinatesAreFractional()

• getEquivPointList

  void getEquivPointList(javajs.util.Lst<javajs.util.P3> pts, int nIgnore, String flags)

• getEquivPoints

  javajs.util.Lst<javajs.util.P3> getEquivPoints(javajs.util.Lst<javajs.util.P3> pts, javajs.util.P3 pt, String flags)

• getFractionalOffset

  javajs.util.P3 getFractionalOffset()

• getFractionalOrigin

  javajs.util.T3 getFractionalOrigin()

• getIntTableNumber

  String getIntTableNumber()

• getInvariantSymops

  int[] getInvariantSymops(javajs.util.P3 p3, int[] v0)

• getIterator

  AtomIndexIterator getIterator(Viewer vwr, Atom atom, javajs.util.BS bstoms, float radius)

• getLatticeCentering

  javajs.util.Lst<javajs.util.P3> getLatticeCentering()

• getLatticeDesignation

  Object getLatticeDesignation()

• getLatticeOp

  int getLatticeOp()

• getLatticeType

  char getLatticeType()

• getMatrixFromString

  String getMatrixFromString(String xyz, float[] temp, boolean allowScaling, int modDim)

• getMoreInfo

  javajs.util.Lst<String> getMoreInfo()

• getOperationRsVs

  javajs.util.Matrix getOperationRsVs(int op)

• getPointGroupInfo

  Object getPointGroupInfo(int modelIndex, String drawID, boolean asInfo, String type, int index, float scale)

• getPointGroupName

  String getPointGroupName()

• getQuaternionRotation

  javajs.util.Quat getQuaternionRotation(String abc)

• getSiteMultiplicity

  int getSiteMultiplicity(javajs.util.P3 a)

• getSpaceGroup

  Object getSpaceGroup()

• getSpaceGroupInfo

  Map<String,Object> getSpaceGroupInfo(ModelSet modelSet, String spaceGroup, int modelIndex, boolean isFull, float[] cellParams)

• getSpaceGroupInfoObj

  Object getSpaceGroupInfoObj(String name, float[] params, boolean isFull, boolean addNonstandard)

• getSpaceGroupName

  String getSpaceGroupName()

• getSpaceGroupNameType

  String getSpaceGroupNameType(String type)

  Parameters:

  type - "Hall" or "HM" or "ITA"

  Returns:

  type or null

• getSpaceGroupOperation

  javajs.util.M4 getSpaceGroupOperation(int i)

• getSpaceGroupOperationCode

  String getSpaceGroupOperationCode(int op)

• getSpaceGroupOperationCount

  int getSpaceGroupOperationCount()

• getSpaceGroupXyz

  String getSpaceGroupXyz(int i, boolean doNormalize)

• getSpinOp

  float getSpinOp(int op)

• getState

  boolean getState(ModelSet ms, int modelIndex, javajs.util.SB commands)

• getSymmetryInfoAtom

  Object getSymmetryInfoAtom(ModelSet ms, int iatom, String xyz, int op, javajs.util.P3 translation, javajs.util.P3 pt, javajs.util.P3 pt2, String id, int type, float scaleFactor, int nth, int options)

  Parameters:

  ms -

  iatom -

  xyz -

  op -

  translation - TODO

  pt -

  pt2 - a second point or an offset

  id -

  type - T.point, T.lattice, or T.draw, T.matrix4f, T.label, T.list, T.info, T.translation, T.axis, T.plane, T.angle, T.center

  scaleFactor -

  nth - TODO

  options - could be T.offset

  Returns:

  a variety of object types

• getSymmetryInfoStr

  String getSymmetryInfoStr()

• getSymmetryOperations

  javajs.util.M4[] getSymmetryOperations()

• getTensor

  Tensor getTensor(Viewer vwr, float[] anisoBorU)

• getTransform

  javajs.util.M4 getTransform(javajs.util.P3 fracA, javajs.util.P3 fracB, boolean debug)

• getUnitCell

  SymmetryInterface getUnitCell(javajs.util.T3[] points, boolean setRelative, String name)

• getUnitCellAsArray

  float[] getUnitCellAsArray(boolean vectorsOnly)

• getUnitCellInfo

  String getUnitCellInfo(boolean scaled)

• getUnitCellInfoMap

  Map<String,Object> getUnitCellInfoMap()

• getUnitCellInfoType

  float getUnitCellInfoType(int infoType)

• getUnitCellMultiplied

  SymmetryInterface getUnitCellMultiplied()

• getUnitCellMultiplier

  javajs.util.T3 getUnitCellMultiplier()

• getUnitCellParams

  float[] getUnitCellParams()

• getUnitCellState

  String getUnitCellState()

• getUnitCellVectors

  javajs.util.P3[] getUnitCellVectors()

• getUnitCellVerticesNoOffset

  javajs.util.P3[] getUnitCellVerticesNoOffset()

• getV0abc

  javajs.util.T3[] getV0abc(Object def, javajs.util.M4 m)

• haveUnitCell

  boolean haveUnitCell()

• initializeOrientation

  void initializeOrientation(javajs.util.M3 matUnitCellOrientation)

• isBio

  boolean isBio()

• isPolymer

  boolean isPolymer()

• isSimple

  boolean isSimple()

• isSlab

  boolean isSlab()

• isSupercell

  boolean isSupercell()

• newSpaceGroupPoint

  void newSpaceGroupPoint(javajs.util.P3 pt, int i, javajs.util.M4 o, int transX, int transY, int transZ, javajs.util.P3 retPoint)

• notInCentroid

  javajs.util.BS notInCentroid(ModelSet modelSet, javajs.util.BS bsAtoms, int[] minmax)

• removeDuplicates

  javajs.util.BS removeDuplicates(ModelSet ms, javajs.util.BS bs, boolean highPrec)

• rotateAxes

  javajs.util.V3[] rotateAxes(int iop, javajs.util.V3[] axes, javajs.util.P3 ptTemp, javajs.util.M3 mTemp)

• setFinalOperations

  void setFinalOperations(int dim, String name, javajs.util.P3[] atoms, int iAtomFirst, int noSymmetryCount, boolean doNormalize, String filterSymop)

• setLattice

  void setLattice(int latt)

  set symmetry lattice type using Hall rotations

  Parameters:

  latt - SHELX index or character lattice character P I R F A B C S T or \0

• setOffset

  void setOffset(int nnn)

• setOffsetPt

  void setOffsetPt(javajs.util.T3 pt)

• setPointGroup

  SymmetryInterface setPointGroup(SymmetryInterface pointGroupPrevious, javajs.util.T3 center, javajs.util.T3[] atomset, javajs.util.BS bsAtoms, boolean haveVibration, float distanceTolerance, float linearTolerance, int maxAtoms, boolean localEnvOnly)

• setSpaceGroup

  void setSpaceGroup(boolean doNormalize)

• setSpaceGroupName

  void setSpaceGroupName(String name)

• setSpaceGroupTo

  void setSpaceGroupTo(Object spaceGroup)

  Parameters:

  spaceGroup - ITA number, ITA full name ("48:1")

• setSymmetryInfo

  SymmetryInterface setSymmetryInfo(int modelIndex, Map<String,Object> modelAuxiliaryInfo, float[] notionalCell)

• setTimeReversal

  void setTimeReversal(int op, int val)

• setUnitCell

  SymmetryInterface setUnitCell(float[] params, boolean setRelative)

• setUnitCell

  void setUnitCell(SymmetryInterface uc)

• toCartesian

  void toCartesian(javajs.util.T3 pt, boolean ignoreOffset)

• toFractional

  void toFractional(javajs.util.T3 pt, boolean ignoreOffset)

• toFractionalM

  void toFractionalM(javajs.util.M4 m)

• toFromPrimitive

  boolean toFromPrimitive(boolean toPrimitive, char type, javajs.util.T3[] oabc, javajs.util.M3 primitiveToCrystal)

• toSupercell

  javajs.util.P3 toSupercell(javajs.util.P3 fpt)

• toUnitCell

  void toUnitCell(javajs.util.T3 pt, javajs.util.T3 offset)

• toUnitCellRnd

  void toUnitCellRnd(javajs.util.T3 pt, javajs.util.T3 offset)

• unitCellEquals

  boolean unitCellEquals(SymmetryInterface uc2)

• unitize

  void unitize(javajs.util.T3 ptFrac)

• isWithinUnitCell

  boolean isWithinUnitCell(javajs.util.P3 pt, float x, float y, float z)

• checkPeriodic

  boolean checkPeriodic(javajs.util.P3 pt)