Package org.jmol.api

Interface JmolAnnotationParser

All Known Implementing Classes:
AnnotationParser, DSSR1
public interface JmolAnnotationParser

  • Method Details

    • fixDSSRJSONMap

      String fixDSSRJSONMap(Map<String,Object> map)

    • getAtomBits

      javajs.util.BS getAtomBits(Viewer vwr, String key, Object dssr, Map<String,Object> cache, int type, int modelIndex, javajs.util.BS bsModel)

    • getBasePairs

      void getBasePairs(Viewer vwr, int modelIndex)

    • getHBonds

      String getHBonds(ModelSet ms, int modelIndex, javajs.util.Lst<Bond> vHBonds, boolean doReport)

    • getAtomicDSSRData

      void getAtomicDSSRData(ModelSet ms, int modelIndex, float[] dssrData, String dataType)

    • calculateDSSRStructure

      String calculateDSSRStructure(Viewer vwr, javajs.util.BS bsAtoms)

    • getAnnotationInfo

      String getAnnotationInfo(Viewer vwr, SV a, String match, int type, int modelIndex)

    • catalogValidations

      javajs.util.Lst<Object> catalogValidations(Viewer vwr, SV validation, int[] modelAtomIndices, Map<String,int[]> valResMap, Map<String,Integer> map, Map<String,Integer> modelMap)

    • initializeAnnotation

      javajs.util.Lst<SV> initializeAnnotation(SV objAnn, int type, int modelIndex)

    • getAtomValidation

      javajs.util.Lst<Float> getAtomValidation(Viewer vwr, String type, Atom atom)

    • fixAtoms

      void fixAtoms(int modelIndex, SV v, javajs.util.BS bsAddedMask, int type, int margin)

    • catalogStructureUnits

      String catalogStructureUnits(Viewer vwr, SV svMap, int[] modelAtomIndices, Map<String,int[]> resMap, Object object, Map<String,Integer> modelMap)

    • setGroup1

      void setGroup1(ModelSet ms, int modelIndex)

    • getDSSRFrame

      javajs.util.P3[] getDSSRFrame(Map<String,Object> dssrNT)