Package org.jmol.adapter.writers

Class MOLWriter

java.lang.Object
org.jmol.adapter.writers.MOLWriter
public class MOLWriter extends Object

  • Field Details

    • vwr

      private Viewer vwr

    • ptTemp

      private javajs.util.P3 ptTemp

    • vNorm

      private javajs.util.T3 vNorm

    • vTemp

      private javajs.util.T3 vTemp

    • connections

      private int[] connections

  • Constructor Details

    • MOLWriter

      public MOLWriter()

  • Method Details

    • setViewer

      public MOLWriter setViewer(Viewer vwr)

    • addMolFile

      public boolean addMolFile(String title, int iModel, javajs.util.SB mol, javajs.util.BS bsAtoms, javajs.util.BS bsBonds, boolean asV3000, boolean asJSON, boolean noAromatic, javajs.util.Quat q, boolean is2d)

    • getAtomRecordMOL

      private void getAtomRecordMOL(int iModel, ModelSet ms, javajs.util.SB mol, int n, Atom a, javajs.util.Quat q, javajs.util.P3 pTemp, boolean asV3000, boolean asJSON, javajs.util.SB atomValues, int tokValue, boolean asSDF)

    • getAtomParity

      private String getAtomParity(Atom a)

    • getAtomPropertyAsString

      private String getAtomPropertyAsString(Atom a, int tok)

    • getBondRecordMOL

      private void getBondRecordMOL(javajs.util.SB mol, int n, Bond b, int[] atomMap, boolean asV3000, boolean asJSON, boolean noAromatic, boolean is2d)

    • output80CharWrap

      private void output80CharWrap(javajs.util.SB mol, String data, int maxN)
      Parameters:
      mol -
      data -
      maxN - 80 for multi-line wrap; something smaller for single line output

    • outputLines

      private void outputLines(javajs.util.SB mol, String data, int maxN)